Третий сезон посвящён преодолению травм и барьеров, мешающих жить полной жизнью. Для Шона Мёрфи главный вопрос заключается в том, ограничит ли его аутизм возможность найти любовь и состояться как личность. Эта боль особенно обостряется после отказа Леа, хотя Карли прилагает все усилия, чтобы наладить их отношения. Клэр учится справляться с потерями не только в прямом смысле смерти, но и с утраченным детством. Наконец она обращается к психотерапевту, пытаясь разобраться в себе, параллельно борясь с тем, чтобы соответствовать ожиданиям окружающих и навязанным ролям в личной и профессиональной жизни.
Морган, как и Клэр, тоже сталкивается с проблемой восприятия. Ей предстоит принять собственную жёсткость и одновременно научиться отстраняться от обесценивания со стороны семьи, которая не признаёт её карьеру хирурга. Доктор Глассман пытается наладить отношения с Дебби, а доктор Лим учится совмещать руководство коллективом с человеческими слабостями подчинённых. Общая тема для всех персонажей стремление к счастью. Однако работа настолько выматывает, что у героев почти не остаётся времени заботиться о собственном психическом здоровье, эмоциональном равновесии и полноценном отдыхе. Третий сезон показывает, как трудно оставаться человеком в условиях постоянного давления и ответственности.